MTsN 9 Banyuwangi atau yang dulunya bernama MTsN Pesanggaran berdiri pada tahun 1980 atas perjuangan dari tokoh masyarakat dan agama yang ada di wilayah kecamatan Pesanggaran . Pada tanggal 26 Juni 1982 ditetapkan Surat Keputusan Penegeriannya ( Filial MTs. Negeri Sambirejo – Banyuwangi ) dengan nomor : SK.KEP/E/192/1982.  Baru pada tanggal 25 Oktober 1993 ditetapkan SK. Penegeriannya ( tidak lagi filial ) dengan SK. Menteri Agama Nomor : 244 Tahun 1993.

Pada awal pendiriannya, MTsN 9 Banyuwangi bertempat di SDN. Siliragung I – Pesanggaran dengan Kepala Sementara Bapak Manshur, BA. (Kepala KUA Pesanggaran waktu itu). Tak lama kemudian dilimpahkan kepada Bapak CH. Suryadi ( Penilik Pendais Kecamatan Pesanggaran ) sampai dengan Tahun 1983. Selanjutnya Kepala MTsN 9 Banyuwangi  mengalami pergantian lagi yaitu dipegang oleh Bapak Muchdlori ( Tahun 1983 – 1985 ). Selanjutnya Kepala MTsN 9 Banyuwangi mengalami pergantian lagi yaitu dipegang oleh Bapak Nur Hidajat ( Tahun 1986 – 1999 ). Kemudian Kepala  selanjutnya  dipegang oleh  H. Moh. Sadjuri, A.Md    ( Tahun 1999 –2003 ) , H. Talhis, A.Md ( Tahun 2004 s/d 2005 ) , H. Nur Hidajat, A.Md ( Tahun 2006 s/d juni 2008 ), Drs. Bashori, M.Pd.I (Juli 2008  s/d Mei 2011 ), Syamsuddin, M.Pd.I  ( Juni 2011  s/d Jnuari 2015 ) Khodori, M,P.dI ( 08 Januari 2015 s/d Jnuari 2019 ), Dra. Umi Hanik, M.Pd ( Tahun 2019 s/d 2022 ) dan Kepala MTsN 9 Banyuwangi yang sekarang adalah Bambang Irawan, M.Pd (Tahun 2022 s/d sekarang).

Pada tahun 1983 MTsN 9 Banyuwangi  pindah menempati gedung milik sendiri yang bertempat di Ds. Buluagung Kec Pesanggaran Kab. Banyuwangi. Mula – mula dibangun 3 (tiga) lokal ruang belajar dan sebuah kantor dengan swadaya masyarakat, wali murid, dan subsidi Pemerintah Kab Banyuwangi.

Pada saat berdiri sampai sekarang, MTsN 9 Banyuwangi sudah mengalami banyak perkembangan dan kemajuan, baik di sarana dan prasarana pendidikan yang diperoleh baik dari swadaya masyarakat maupun proyek dari pemerintah ataupun bantuan dari pihak ketiga. Semua itu tidak terlepas dari kerja keras para pendiri MTsN 9 Banyuwangi yang telah memberikan motivasi dan seluruh komponen Madrasah yang telah bekerja keras dengan dasar ihklas beramal.

Demikian sejarah singkat MTsN 9 Banyuwangi  yang penuh dengan lika-liku perjuangan.